丰田生产方式中强调降低库存，主要上是要降低在制品库存。 为什么要降低库存呢？因为库存是一种浪费。库存导致哪些浪费呢？占用资金，少了利息收入（或者增加企业利息支出），占用场地，丰田生产方式能够显著减少生产占地面积，减少人员，如果库存很少，库管人员减少，减少仓库管理工作，库存很少的话，盘点、库存日常工作量都会大大减少。如果库存很少，也可以不必安装库存管理系统模块以及为维护模块需要的工作和人员配备，这对某些企业可能是一笔较大支出以及（这是大野的话，估计现在丰田也有库存管理系统）。以上这些可以看成降低库存所带来的第一层次好处。 快速的小批量的流转，可能增加车间内部物流成本。（丰田在工序之间增加了自动传送装置来保证在制品快速流向下一道工序）
在制品库存降低带来的第二层次的好处：就是那个常见的比喻，库存是湖水，问题是石头，如果库存大，好比水面高，掩盖了问题。库存如何掩盖问题的呢？
上到工序产生的问题往往在下道工序被发现，自动化的机器生产速度快，在丰田看来，可能产生次品废品的速度也非常快。如果上道工序产生次品而没有被检验出来，则这个工序批量越大，可能产生的批量次品越多，即成批报废的现象。如果批量很小，工序之间快速流转，上道工序产生的次品很快就会在下道工序暴露出来，减少了批量报废可能性。减少了报废以及次品再加工损失。
批量小，生产节拍快，在制库存的缓冲时间非常少。生产中暴露出的问题不能在一个生产周期内部解决，那么就会影响生产线的运作。在生产批量大的情况下，比如一个批量生产半天，解决问题的周期是半天。在丰田的生产方式中，这个节拍周期是一分钟，这就要求，生产过程中发现的问题必须一分钟之内解决，一刻也不能拖。（如果超过一分钟没有解决，生产工人就只好让生产线停下来了，解决了再启动）。
其实，库存对问题的掩盖，在供应链中也同样可以使用。例如，对于快速消费品来说，必须要很大的库存，可能是因为销售系统没有认真了解市场的需求，需求预测的相关职能缺乏，缺乏对经销商的考评，缺乏对采集终端数据的分析使用等等，如果做好这些工作，可以帮助不断降低库存。
